地方军事制度改革可以往后拖，但是有一件事情，却拖不得。
那就是枢密院成立后，奏疏是否要由内阁票拟的问题。
这是枢密院的事情被拖延了一个多月的原因，也是权力争夺的核心所在。
朱由检想要获得军事事务的快速决策权，自然是想要不经内阁直接发布中旨的。
但是袁可立等兵部大臣，却不同意这点——
他们虽然未来会成为枢密院的官员，却同样属于文官。在限制皇权的事情上，坚定地和内阁站在一起。
即使皇帝从内阁分出来的权力，要分享给枢密大臣。这些文官出身的枢密院官员，也对此仍旧不同意。
这让朱由检很无奈，同时也感觉到，这是文官的共识、或者说整体意志。
就像袁可立之前几乎拥有首辅的权力时，面对韩爌的打压默默接受一样。这些文官心里自有一套准则，不完全听从自己这个皇帝。
他设想的枢密大臣像内阁大学士一样为军事事务写票拟，没有得到枢密院群臣的支持。
文官都本能地维护内阁权威，用内阁限制皇权。
甚至，他感觉自己若非之前趁着群臣不在意取得了境外事务主导权，恐怕理藩院的事情，也会有得争执——
文官不想皇帝的行为超出控制，尤其是直接发出中旨。
他们恨不得把皇帝锁在皇宫里，一切听从他们的安排。
朱由检多番尝试无果、再加上承诺过不随意使用中旨，最终放弃了用枢密院制衡内阁的想法，转而把六科并入大理寺，设立了独立的大理院——
大理院最终拥有的权力，将会接近门下省。能对实际上相当于中书省的内阁，稍微形成制约。
如今，随着五院方案被通过，枢密院在成立完善，奏疏的事情也必须有个定论，以便朝廷运转。
朱由检召集群臣开会，专门解决此事。他最核心的诉求，是在军事上拥有快速决策权。以便能处理越来越频繁的战事，维护大明存在。
面对皇帝的要求，韩爌提出了一个办法，那就是保留戡乱委员会，以大学士秉笔票拟。军事方面的事务，都能由皇帝和这位大学士决断。
朱由检皱了皱眉，说道：
“戡乱委员会继续保留。”
“但是它是跨部门协调机构，职责不完全属于枢密院。”
“朕以为当派一到两位大学士去枢密院值班，分管军事方面的奏疏，可以不经首辅，直接递到朕前。”
这个想法提出，内阁首辅黄立极，仍是老神在在。
似乎皇帝提出的事情，和他无关一般。
内阁次辅韩爌，那就很不情愿了。
他已经把首辅位置视为囊中之物，怎么愿意皇帝削夺内阁首辅之权？
所以他斟酌之后，说道：
“臣以为军事奏疏由专职大学士分管即可，不必去枢密院值班。”
“枢密院在宫门之外，奏疏递进宫里，还是要经内阁。”
这就是内阁的便利之处了。
其它外廷衙门都在宫门之外，只有内阁在宫里，就在文华殿前面。
皇帝有什么旨意，能够很方便地唤他们过去书写。内阁的权力也因此越来越大，甚至反客为主，把不经过内阁的旨意定为中旨，文官拒不接纳。
如今，朱由检想通过把内阁大学士派去枢密院值班的办法，绕过这个流程，遭到韩爌等人的抵制——
他们认为无论如何，奏疏都应该经过内阁票拟。
朱由检和他们磨了很久，虽然没听到大臣激烈反对，却发现很多臣子像韩爌一样，对自己这个想法软抵抗。
就连不反对的黄立极等人，也没有提出支持。
因为他们内心，也不赞同这个。
这让他只能放弃这个想法，说道：
“那就换一种方式。”
“为一到两位大学士加枢密大臣衔。”
“他们在接到军事奏疏时，可以直接面圣，并且拟定旨意。”
“韩学士觉得如何？”
听到皇帝做出了让步，还特意点出自己的名字，韩爌知道自己最好也要让一下——
否则有可能被皇帝认为自己不能合作，不任命自己担任辅政大臣。
所以他斟酌之后，觉得这对首辅的权力有削夺，却仍只得同意，说道：
“若有紧急事务，这样做未尝不可。”
“臣以为应该限定在军事机密事务，寻常的军事事务则不必这样。”
朱由检听着这番言论，又冒出一个想法，说道：
“韩卿此言甚好！”
“朕之前就让通政司成立公文处，并且让锦衣卫保密司入驻，负责军情机密和银章密奏事宜。”
“现在看来，应该更进一步，在公文处下面成立军机科，专门负责军事机密类奏疏。”
“其它财政、礼法、藩属等事务，也应专门分科。”
“选择可靠人员，去通政司任职。”
这个提议说出，通政使吕图南眼前一亮。
要说这次五院调整中最受伤的是谁，那是非他莫属了。
原本通政使和大理寺卿排在九卿最后，级别同是正三品。通政使地位还高一点，稍微高于大理寺卿。
结果这次五院调整中，通政司丝毫没变化，甚至没有和六部等衙门并入政务院。
大理寺却摇身一变，成为了五院之一的大理院。
虽然在五院中排行第四，和政务院、枢密院这东西二府不能比。但是大理寺的官职，却实实在在提升了品级。大理寺的官员，也有了更高的提升空间。
与之对比，通政司职官几乎没有变化。只有杨嗣昌凭借个人能力，被调入了枢密院。
尤其是曾经归属通政司的六科，这次被划给了大理院。吕图南这个通政使，对此实在很伤心。
现在，他这个通政使不但排在九卿最末，甚至有声音冒出：说通政使这个正三品官职撑不起九卿的名号，应该把九卿的称呼，让给同属五院的理藩院掌院。
如今皇帝终于想到通政司，这让他有些激动地道：
“臣以为科级实在太低，应该把公文处提升为公文厅，下设军机处、财政处、礼法处、藩属处等处，分管相应奏疏。”
“将来奏疏到达通政司后，由公文厅处理，送给分管的大学士。”